هو السلطة العليا في الهيئة ويمارس الصلاحيات المنصوص عليها في إتفاقية إنشاء الهيئة أو أية صلاحيات أخرى لازمة لتقدم العمل. ويتكوّن المؤتمر العام من الوزراء المسؤولين عن الطاقة النووية أو ممّن لهم سلطة الوزير في مجال الطاقة النووية في الدول الأعضاء .
ويختص المؤتمر العام بما يلي :
1 ـ تحديد الخطوط الرئيسية لعمل الهيئة والمنهج العام الذي تسير عليه .
2 ـ اتخاذ القرارات بشأن برامج ومشاريع الهيئة .
3 ـ تقرير عقد المؤتمرات الاستثنائية عند اللزوم .
4 ـ الموافقة على مشروع الميزانية وتقديرات الإنفاق .
5 ـ تعيين المدير العام للهيئة وتجديد تعيينه .
6 ـ إقرار النظام الداخلي ولائحة شؤون الموظفين والخدمة واللائحة المالية.
4- تقرير المدير العام عن نشاط الهيئة ما بين دورتي المؤتمر العام.
5- التعاون مع الوكالة الدولية للطاقة الذرية.
6- التعاون مع المعهد المشترك للبحوث النووية JINR.
7- المؤتمر العربي السادس عشر للاستخدامات السلمية للطاقة الذرية 2024.
8- إستضافة المنتدى العربي السابع حول آفاق توليد الكهرباء وإزالة ملوحة مياه البحر بالطاقة النووية.
9- الحساب الختامي للهيئة للسنة المالية المنتهية في 2022/12/31 والمناقلات المجراة وتقرير مراجع الحسابات القانوني عن السنة المالية 2022 والمساهمات في مشروعات.
10- تقرير هيئة الرقابة المالية والإدارية عن السنة المالية 2022.
11- تقرير المراقب المالي الداخلي لسنة 2022.
12- المشاريع والبرامج المدرجة بالباب السابع والمنفذة منذ سنة 2019 ومدى ربطها بالميزانيات المقدرة.
13- تشكيل هيئة الرقابة للدورة المالية 2023-2024.
14- اختيار مراقب الحسابات القانوني للدورة المالية 2024-2025.
15- تقرير المدير العام حول تنفيذ ميزانية الهيئة خلال الفترة:1/1 -2023/04/30.
16- قرارات المجلس الاقتصادي والاجتماعي في دورتيه العاديتين (110 – 111).